Jeg har et par bud på hvad prisforskellen skyldes:

Som andre har nævnt før, er de fleste 3-skinne lokomotiver udrustet med en dekoder; hvad der simpelthen skyldes at den selv ved analogdrift er nødvendig for at kunne styre lokomotivet (tidligere anvendte man en såkaldt "perfektomskifter", men i slutningen af 1980'erne overhaledes den prismæssigt af digitaldekodere som kunne klare opgave lige så godt).

Desuden så er der til strømoptag brug for en såkaldt "slæbesko" som er i berøring med den "3." skinne (også kaldet punktkontakter).

Derudover, så leverer de fleste producenter deres 3-skinne lokomotiver med hjul beregnet til kørsel på Maerklins spor. Eneste undtagelse jeg kender til, er Heljan, men til visse modeller har de alligevel måtte fremstille særlige hjul til 3-skinne folket.
At det er nødvendigt med særlige hjul til 3-skinne, har historiske årsager. Før lokomotiver (og vogne) fra en producent kunne bruges på en anden producents skinner, havde Maerklin sine egne standarder (ligesom de øvrige producenter havde). Da der i mange år ikke var andre producenter end Maerklin selv som producerede materiel til deres system, valgte man at fortsætte med sine egne, velfungerende standarder, mens 2-skinne markedet efterhånden tilpassede sig NEM-normerne (som gælder næsten alle tekniske aspekter). Så da Maerklin af forskellige årsager endelig mistede monopolet på materiel til deres eget system, stod med en situation hvor Maerklins kunder havde en masse materiel i forvejen, som ville blive ubrugeligt eller kræve en ombygning hvis man tilpassede sig normerne. Derfor valgte man at beholde systemet. Forskellene mellem 3-skinne spor (Maerklin) og 2-skinne spor (øvrige) er skinnehøjden (også kaldet code) samt indvending afstand mellem skinnerne; skinnerne er forholdsvis høje (det samme gælder også hjulenes flanger) og den indvendige afstand er en smule mindre end ved 2-skinne.
Disse forskelle er ganske vidst forholdsvis små, og principielt set KAN et lokomotiv med hjul beregnet til 2-skinne godt bruges på 3-skinne (Maerklin) spor. MEN i forbindelse med kurver og sporskifter er der stor sandsynlighed for at det giver problemer. Og derfor kan det på det strengeste anbefales at sørge for at bruge de rigtige hjul.

Men hvad har det med hjulene at gøre med prisen? Det kan illustreres med et eksempel: Hvis vi siger at markedet for modeltog i HO består af 2/3 2-skinne kørere og 1/3 3-skinnekørere, så er der også tilsvarende færre forbrugere til at betale for særligt udstyr til 3-skinne. Al produktion medfører omkostninger til materialer, maskiner, eventuelle forme og en række andre ting, og der er kun et sted at hente disse udgifter: Forbrugerne. Og derfor består alle produkters pris af dels af materialeprisen, dels af en andel af produktionsomkostningerne. Og den andel er direkte afhængig af hvor mange enheder der kan sælges; så færre forbrugere af 3-skinne materiel, betyder at materiel specielt til dem har en større andel af produktionsomkostninger pr. styk.

Så det er altså dels dekoderen, dels specialkomponenterne som gør at 3-skinne materiel er dyrere. Disse specialkomponenter er dels slæbeskoen, som ofte kan anvendes til mange forskellige modeller, dog kan nogen modeller have brug en kort eller lang slæbesko, men 2 (evt. 3) længder kan dække de fleste behov, og derfor produceres i store styktal. Dels hjulene som enten har en standardstørrelse (hovedparten af vogne og lokomotiver) eller en mere speciel størrelse; sidstnævnte gælder især damplokomotiver og helt specifikt deres drivhjul. Så de kan i et vist omfang også bruges til mange modeller, og dermed også produceres i store styktal.
I den forbindelse er det så værd at huske, at monteringen af disse komponenter kræver lidt ekstra arbejde, hvilket er en yderligere omkostning.

Hvad hjulene angår, så har især Heljan (og muligvis andre) med skiftende held produceret hjulprofiler som hævdes at være universelle og kunne fungere på både 2-skinne og 3-skinne. Når jeg skriver skiftende held, skyldes det at hjulprofilet som tidligere nævnt er afhængigt af sporafstanden. Derfor bør man også kontrollere den indvendige afstand mellem hjulene.

Håber at ovenstående ikke er alt for indviklet.